当车辆违章扣分超过三个驾驶证时，车主需要采取以下措施进行处理：
重新参加理论考试和道路驾驶技能考试
当一辆车的违章扣分超过三个驾驶证时，剩余的分将由车主承担。如果累积扣分低于46分，建议其余两本驾驶证各扣11分，剩下最大值的23分由车主自行承担。这样，扣11分的两本驾驶证只需缴纳罚款即可，而车主则需缴清罚款，并参加科目一学习和考试，通过考试后记分将予以清除，并返还驾驶证。
如果累积扣分大于等于46分，车主需要决定是让两本驾驶证各扣11分，自己扣24分，还是一本扣11分、一本扣12分、一本扣23分。机动车驾驶人在一个记分周期内记分2次以上达到12分的，除按照第二十三条规定扣留机动车驾驶证、参加学习、接受考试外，还应当接受驾驶技能考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证。
使用其他驾驶证处理违章
一辆车在一个检验周期内除车主外允许有三个驾驶人予以记分，处理超过限定人数，将纳入嫌疑。可以使用之前处理过该车违法行为的驾驶证，使用学法减分减免相应分值后继续处理。另一种方式是使用车主驾驶证处理至满分，记满分考试合格后继续处理。
注意扣分限制
现在一辆车的违法记录最多只能使用3个驾驶证扣分，使用超过3个驾驶证的时候电脑会自动跳出一个窗口，显示拒绝使用。这意味着一个驾驶证在处理违法行为时，最多只能扣分到24分。超过24分不但要参加理论考试，还要参加道路驾驶技能考试。考试合格消除积分后才能继续处理其他的违法处罚。
法律依据
《新交通法规》第五十八条规定，机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。
其他注意事项
违法行为，公安机关将对其处以行政拘留，并罚款处罚。实行驾照扣分新规，一辆车违章三个驾驶本扣不完，就用自己一个驾照扣分。然后按照新交规规定，被扣证，扣12分以上24分以下，参加道路交通安全法律、法规和相关知识的学习和考试；扣24分以上，再参加道路驾驶技能考试。考试都合格了，缴清罚款，所扣的分都会清零，领回驾证。
如果在一个记分周期内，出现同一人为非本人所有的3辆以上不同号牌的机动车违章行为，或者超过3人为同一号牌机动车违章行为，将被列入重点人名单，暂停违法处理业务。
建议车主在处理违章时，先了解相关法规，选择合适的方式进行处理，以确保顺利解决问题。
