当企业的进项税额大于销项税额时，可以采取以下几种处理方法：
结转至下一税期抵扣
进项税额大于销项税额的差额部分可以结转到下一税期继续抵扣。
申请退税
企业可以将多出的进项税额申请退税。
留抵税额
月末时，如果进项税额大于销项税额，不需要进行额外的账务处理，直接将差额作为留抵税额处理。留抵税额可以在后续税期内抵扣。
缴纳增值税
如果销项税额大于进项税额，企业需要按照规定进行结转和缴纳增值税。具体步骤包括计算应交增值税、结转未交增值税和缴纳未交增值税。
内部控制
企业应加强内部管控和对重点业务的监控，防止增值税减免漏洞和错漏抵扣行为，确保税收的准确性和合规性。
申请补助或抵扣
对于因不可抗力因素导致的税款申报不足和缴纳不足的情况，企业可以向主管税务机关申请补助、减免或抵扣。
利用税收优惠政策
企业在设计增值税征收程序时，应充分考虑各类税务变动及变化，灵活运用增值税相关抵扣和减免政策，提高税收效率。
建议
企业应密切关注进项税额和销项税额的变化，合理安排税务事项，确保税务合规并最大限度地利用留抵税额。
对于因特殊原因导致的进项税额大于销项税额的情况，应及时与税务机关沟通，了解相关政策并按照规定办理。
