如果认为工程审计结果不合理，可以采取以下步骤来处理：
审查合同条款
仔细检查与发包人签订的施工合同中关于审计和结算的条款，确认合同中是否有关于审计结果异议处理的明确约定。
特别注意合同中是否有关于“财评审计”的条款，如果没有，最好不要约定相关内容。
收集并保存证据
在施工过程中，保存并收集与工程实际完成情况相关的所有证据，包括但不限于工程量清单、材料采购凭证、施工日志、变更订单、现场照片和视频等。
这些证据将用于证明审计结果与实际工程不符。
提出异议
根据合同约定和相关法律规定，向审计部门提出书面异议，详细说明审计结果中存在的问题，并提供相应的证据支持。
协商解决
在提出异议后，尝试与发包人或审计部门进行协商，寻求对审计结果的修正或重新审计。
申请鉴定
如果审计部门未在合理期限内进行审计或出具审计报告，或者审计结论明显不当，可以有权申请司法鉴定，以确定工程的实际造价。
民事诉讼
如果审计结果直接影响到工程款的支付，可以通过民事诉讼的方式，要求法院判决按照实际工程量和成本进行结算，尤其是在合同中未明确约定以审计结果作为最终结算依据的情况下。
申诉或投诉
可以向本级政府部门申诉，通过建设单位负责人说明情况，或者提请本级政府裁决以及行政复议、行政诉讼。
法律途径
如果审计结果不合理，且通过其他途径无法解决问题，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。根据《审计法》第四十八条，被审计单位对审计机关作出的有关财务收支的审计决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼，也可以提请审计机关的本级人民政府裁决，本级人民政府的裁决为最终决定。
在进行上述步骤时，建议咨询专业律师，以确保合法合规地维护自己的权益，并注意时效问题，确保在法定期限内采取相应的法律行动。
